เนื้อเรื่องย่อของ Black Bullet กล่าวถึงโลกที่ถูกไวรัสปรสิต แก๊สเทีย (Gastrea) ที่ทำให้เกิดความเปลี่ยนแปลงกับร่างกาย ในสงครามพวกมนุษย์ได้พ่ายแพ้ต่อการสู้กับผู้ติดเชื้อ และหนีไปหลบภัยในพื้นที่ขนาดเล็ก 5 แห่งที่กระจายทั่วญี่ปุ่น ถูกตัดขาดจากโลกภายนอกโดย Monoliths เวลาผ่านไปร่วม 10 ปี เนื้อหาจะกล่าวถึงพื้นที่ในเขตโตเกียว ซาโตมิ เร็นทาโร่ (Satomi Rentarou) หน่วยงานความมั่นคงทางพลเรือนของบริษัทเท็นโด เด็กหนุ่มผู้ชำนาญการต่อสู้ ร่วมกับคู่หู ไอฮาระ เอ็นจู (Aihara Enju) หนึ่งในเด็กถูกสาปที่ภายนอกเหมือนเด็กสาววัย 10 ขวบ เคยได้รับเชื้อไวรัสแก๊สเทียทำให้ใช้พลังเหนือมนุษย์ได้ ทั้งสองได้ร่วมปกป้องประชาชนผู้บริสุทธ์จากผู้ที่กลายร่างโดยไวรัสร้าย
